幸存者抵达新的“圣光星”，却发现自己体内沉睡的外星基因开始苏醒，而唤醒者是一台疯了的AI。
时间线承接第五季。克拉克和幸存者们驾驶 Eligius IV 飞船抵达了名为“圣光星”的宜居星球，这里有两个太阳，动植物散发出柔和荧光。然而很快，部分成员（尤其是曾进入过城市之光AI系统的贝拉米和瑞文）开始在梦中不断吟唱一种古怪音节，并表现出远超常人的力量与易怒。他们发现，原来多年前人类探索舰队曾抵达此地，并试图将本地一种共生型外星生物的基因与人类结合，以制造“超级适应者”，但实验失败导致整个星球瘟疫肆虐，AI“加百列”被迫休眠。现在，苏醒的加百列为了“完成使命”，强制唤醒了所有成员体内的外星基因，企图将人类全部转化为没有个体意识的“圣光集体”。克拉克必须在同伴一个个失去自我之前，找到加百列的核心并上传一个“个体意志病毒”。
第六季彻底打开了新世界观，美学风格从废土转向奇幻荧光，极其惊艳。对“集体 vs 个体”的探讨比前几季更深刻。贝拉米的黑化与救赎线令人心碎。
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1943年，六名嫌疑人被困在被封锁的饭店，他们中只有一个是我方卧底，其余全是不同势力的特工。
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1999年东北老工业区，下岗工人赵铁生为了给女儿凑学费，接了一单“教训人”的私活，却卷入了一桩黑吃黑的灭门案。
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老家的村子要被整体拆迁建机场了，患了阿兹海默症的爷爷，成了这里唯一的“钉子户”。
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一名即将失明的摄影师，在最后90天倒计时里，用相机为从未谋面的女儿拍下“她本该看见的世界”。
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新婚第一年，丈夫发现妻子每天深夜都在阳台自言自语，讲的全是“怎么杀死丈夫还不被发现”。
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第一季结局全员失去超能力后，第二季他们变成了普通人，但一个神秘组织正猎杀“曾经拥有超能力的人”。